Ze względu na trudności techniczne zabiegu, jego bolesność i uciążliwość dla pacjenta, kłopoty z przygotowaniem chorego do badania oraz koszty winien on być wykonywany po wyczerpaniu wszystkich innych prostszych badań diagnostycznych. Przeciwwskazania względne do koloskopii: niewydolność oddechowa (znacznie nasilona),niewydolność krążenia (również znacznie nasilona),zaburzenia krzepnięcia krwi, zwłaszcza jeśli planowana jest biopsja lub polipektomia, uchyłkowatość jelita grubego — kolonoskopię można wykonać jeśli w grę wchodzi różnicowanie z rakiem jelita grubego. Przeciwwskazania bezwzględne: stany zapalne jelita grubego o ostrym ciężkimi przebiegu (wrzodziejące zapalenie jelita grubego, choroba Łeniowskiego - Crohna, zapalenie uchyłka), megacolon toxicum, zapalenie otrzewnej. Zestaw do badania. Zestaw do koloskopii poza Przygotowanie pacjenta. Jelito należy oczyścić z mas kałowych za pomocą wlewu z 0,90/o roztworu NaCi nie później jednak niż na 12 godzin przed biopsją, gdyż obrzęk błony śluzowej po wlewie może wpłynąć na niedostateczne zassanie tkanki podś1uzowej. Premedykacja jest zbędna. U dzieci niespokojnych można podać łagodne środki uspokajające. Przy koloskopii długiej niezbędny jest dostęp do aparatu rentgenowskiego ze wzmacniaczem i monitorem telewizyjnym.